Comme toutes les institutions "académiques" fondées en France sous l'Ancien Régime, la permanence de l'administration de l'Académie est assurée depuis la création par un Secrétaire perpétuel, élu par ses pairs et nommé par décret du Chef de l'État. A côté de ce dernier, a été créé en 1788 un "agent général", devenu en 1845 Trésorier perpétuel, nommé lui aussi après élection par décret du Président de la République ; il est responsable de la gestion financière de l'Académie.
Le Président de la République est le Protecteur de l’Académie et le Ministre de l’agriculture en est le Président d’honneur.
L’académie possède des statuts définis par le décret du 4 juin 2014, et un règlement intérieur approuvé le 26 novembre 2014. (renvoyer aux deux pages correspondantes).
Les séances sont présidées par le Président de l'Académie dont le mandat est annuel et non renouvelable, au moins dans la continuité ; il est assisté d'un vice-président qui lui succèdera l'année suivante.
Le Président en exercice préside aussi les deux Commissions statutaires de l'Académie : La Commission académique et la Commission des fonds.
Statuts de l'Académie d'agriculture de France - Décret du 4 juin 2014 Règlement intérieur adopté en séance plénière le 26 novembre 2014