Le concept de « bien-être animal » est désormais adopté sans nuance dans le langage médiatique et politique dans un contexte de contestation multiforme de l'élevage. Dans les sociétés occidentales les controverses sont alimentées par deux visions critiques bien différentes : le « welfarisme » qui œuvre en faveur de l'amélioration des conditions de vie des animaux d'élevage sans remettre en cause leur utilisation au profit de l'homme et le « véganisme », vision radicale qui prône l'abolition de l'élevage, minoritaire mais très médiatisée, dont la doctrine considère que les animaux ne sont pas des biens à la disposition de l'homme.
La définition du « bien-être animal » a fait l'objet de plusieurs tentatives dont la plus récente est celle retenue par l'Anses dans son avis du 16 février 2018 qui s'appuie notamment sur les conclusions de deux expertises scientifiques collectives de l'Inra, l'une sur les douleurs animales en élevage (édition Quae 2013) et l'autre sur la conscience des animaux (éditions Quae 2018). Dans son avis l'Agence souligne la difficulté de l'exercice en précisant que « toute définition du bien-être des animaux doit être assez générale pour s'appliquer à tous les contextes où les animaux sont affectés par les humains [et à la fois] suffisamment précise pour être utile en application pratique sur le terrain».
L'intérêt que porte la section 3 à ce thème n'est pas nouveau puisqu'il a notamment donné lieu à la publication de l'ouvrage intitulé « Éthique des relations Homme/Animal. Pour une juste mesure » (Bernard Denis coordinateur, Édition France Agricole 2015) et à l'attribution, en 2017, de la médaille d'Or de l'Académie à Robert Dantzer pour l'application à l'élevage de ses travaux en neurobiologie des troubles comportementaux. C'est tout naturellement que plusieurs membres de la section 3 ont publié un point de vue pour dire qu'une définition du bien-être animal, donnée sur de seules interprétations scientifiques et philosophiques, ne pouvait pas s'imposer comme la référence en élevage sans que les éleveurs aient pu apporter leurs savoirs (professionnel et profane), fruits de 10 000 ans de "coévolution". Afin d'aller plus loin dans la réflexion sur le concept de bien-être des animaux d'élevage la section « production animale » propose d'organiser, avec la section « Sciences humaines et sociales » (4), une séance publique dont un des principaux objectifs serait de lever les malentendus, facteurs de crispations nuisibles à l’évolution de l'élevage.