Issu d’une généalogie de meuniers, de pâtissiers, de vignerons et de petits agriculteurs, Jean-François Morot-Gaudry a fait toutes ses études comme « boursier de la République ». D’abord orienté vers les Lettres classiques et la Philosophie, deux ans après son baccalauréat, il change de cap à l’Université de Dijon pour se consacrer aux études de biochimie et de biologie cellulaire.
Il effectue son service militaire tout d’abord à Nîmes dans l’artillerie antiaérienne et quelques mois après il est appelé à Cherbourg comme « chimiste » pour étudier les éventuelles variations de la radioactivité (spectrométrie γ) dans l’environnement suite au lancement du premier sous-marin nucléaire « Le Redoutable ». Parallèlement il achève sa maîtrise de biologie végétale.
Après un DEA à l’Université d’Orsay-Paris-XI et une thèse d’Etat sous la direction du professeur Moyse dans la même université, il entre à l’INRA de Versailles en 1970, d’abord comme stagiaire de recherche CNRS puis chargé de recherche INRA à partir de 1975 (Laboratoire E Jolivet et Y Coïc). Durant son travail de thèse sur la photosynthèse et la génétique du maïs, il croise Guy Paillotin, alors Chef de service au CEA de Saclay. Puis c’est la parenthèse australienne où il part 7 mois, à Canberra, dans l’un des meilleurs laboratoires mondiaux sur la photosynthèse et le métabolisme azoté.
De retour à l’INRA, il sera un des piliers du laboratoire du laboratoire Métabolisme et Nutrition des Plantes qu’il animera et gérera pendant plus de quinze ans, y favorisant en collaboration avec nombreux chercheurs étrangers (américains, australiens, anglais, allemands, japonais, etc.) des recherches intégrées de physiologie, biochimie, biologie moléculaire et génétique sur les plantes d’intérêt agronomique. Ces recherches sur la photosynthèse et l’assimilation de l’azote ont fait l’objet de publications dans les meilleures revues scientifiques internationales. JF Morot-Gaudry, tout en menant ces recherches fondamentales, est toujours resté soucieux de dialoguer avec la profession : les viticulteurs champenois sur le métabolisme azoté, les endiviers sur la physiologie de la chicorée, la société Goémar sur l’usage des algues en agriculture, sans oublier les améliorateurs des plantes et l’AGPM sur le maïs.
Jean-François Morot-Gaudry s’est aussi beaucoup impliqué à l’INRA dans les tâches administratives comme Chef de service (16 ans), Chef de département adjoint (12 ans) et a participé très activement à la gestion du personnel (recrutement, gestion des carrières et des personnes handicapées). Il reprend contact avec la science fondamentale dans les années 90 par l’écriture d’ouvrages de synthèse (huit ouvrages, trois en anglais dont un qui a fait une page d’excellents commentaires dans la célèbre revue Nature et qui a été traduit ensuite en chinois), de nombreux rapports d’évaluation (INRA, Université, CEA, ANVAR, Ministères, etc.). Jean-François Morot-Gaudry a enseigné à différentes périodes de sa vie, et a mis sur pieds, avec quelques collègues INRA, la maîtrise de biologie à l’Université de Versailles-St-Quentin. Il a publié également deux livres de Biologie végétale (Dunod) à l’usage des étudiants des grandes Écoles de Biologie et des Universités françaises. Il termine sa carrière à l’INRA comme Directeur de recherche de classe exceptionnelle.
Entré à l’Académie d’agriculture en 1997, il a découvert de nouveaux horizons, en particulier économiques et sociétaux. Il y a animé nombreuses séances, souvent de concert avec l’Académie des Sciences. Membre en 2001, secrétaire de la Section Biologie de 2002 à 2009, il en devient vice secrétaire de 200(à 2009 puis vice président en 2010 et président cette année 2011, année du 250ème anniversaire de cette Compagnie.
Jean-François Morot-Gaudry est Officier du Mérite agricole.