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Les pangénomes, mise à jour et exploitation en agriculture

13/04/2022 à 14h30

Grâce aux performances des techniques de séquençage actuelles, plusieurs génomes ont pu être séquencés par espèce. Il semble universel, de la bactérie à l’homme, que le génome d’une espèce soit constitué d’un génome de base (core) commun à tous les individus, souches, variétés, races, et un génome dit dispersé ou distribué (dispensable) présent dans un ou plusieurs individus seulement.
Cette découverte qui était un concept il y a une dizaine d’années est maintenant source de nombreuses interrogations et de promesses : comment ont évolué ces génomes ? Quel a été l’impact de l’adaptation au milieu ? de la sélection ? Quel réservoir de gènes sont à notre disposition pour améliorer les performances des animaux d’élevage et des espèces cultivées ? L’exploitation des génomes distribués en agriculture est prometteuse car ils représentent une variabilité largement méconnue et constituent une véritable ressource de matériel génétique à disposition. Par ailleurs, la notion de génome de base peut aussi être informative pour la biologie synthétique : il met en exergue un nombre de briques restreint pour l’élaboration d’un individu viable. Ces découvertes nous interrogent sur le concept de génome de référence et de génome de base pour une espèce donnée.

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Introduction
Exposé(s)
Les pangénomes et questions transverses aux domaines du vivant
Johann JOETS, INRAE
Des pangénomes des microorganismes aux microbiotes
David VALLENET, Genoscope
Les pangénomes des plantes, effets de la domestication et évolutions adaptatives
François SABOT, IRD
Les pangénomes des animaux, variabilité génomique et phénotypes
Didier BOICHARD, INRAE
Synthèse de la séance